История санитарно-эпидемиологической службы в Хакасии началась 15 сентября 1922 года с принятия декрета Народных комиссаров РСФСР «О санитарных органах республики».
В 20-х годах прошлого века Хакасия была одной из самых отсталых территорий Советского государства, где население по большей части вело полуголодное существование, было безграмотным, в быту отсутствовали элементарные санитарные навыки, повсеместно царила грязь и антисанитария, свирепствовали эпидемии сыпного и брюшного тифа, холеры, натуральной оспы, сифилиса, малярии, трахомы.
Борьба с инфекционными заболеваниями требовала выхода на государственный уровень.
Профилактика заболеваний стала генеральной линией здравоохранения от центра до губерний. Стали создаваться специальные учреждения санитарно-профилактического профиля: бактериологические, санитарно-гигиенические лаборатории, дезинфекционные станции, оспопрививальные пункты, малярийные станции, организовывались эпидемиологические и прививочные отряды. За 5 лет (1923-1928 гг.) снизилась заболеваемость тифами в 10,5 раз, натуральной оспой — в 6,4 раза, малярией — в 2,3 раза.
Первым в истории Хакасии санитарным врачом был Герман Алексеевич Пономаренко.
К 1927 году в городах были организованы санитарные советы, в сельских районах — санитарные комиссии. Одной из главных задач была борьба с инфекционными заболеваниями. Открывались «заразные бараки» и изоляторы для госпитализации больных, выделялся гужевой транспорт. Однако квалифицированных кадров, способных возглавить и осуществлять весь объём работы по профилактике инфекционных заболеваний, не хватало.
В 1928 году организован противоэпидемический отдел и санитарно-бактериологическая лаборатория в селе Усть-Абаканское, приобретена дезинфекционная аппаратура, усилен текущий санитарный надзор, организованы трахоматозные пункты, введена обязательная санитарно-просветительская работа, которая проводилась и через радиоточки, в том числе на хакасском языке.
В 30-е годы работа санэпидслужбы стала проводиться на основе планирования. В области продолжали регистрироваться массовые инфекционные заболевания, среди которых большую опасность тогда представляла малярия, трахома, бруцеллёз и др. В 1933 г. после преобразования Хакасского округа в автономную область в селе Аскиз организован первый в Хакасии межрайонный трахоматозный диспансер на 10 мест, позже в 1953 г. открыт областной противотрахоматозный диспансер, в 1941 г. созданы малярийные кабинеты в г. Черногорске, Аскизском, Боградском, Бейском, Таштыпском районах, работники службы вручную обрабатывали заболоченные земли и поверхности водоемов инсектицидными препаратами, создавались противобруцеллезные станции для борьбы с массовыми инфекционными заболеваниями. Активная деятельность медицинских работников области, особенно санитарных врачей, привела к созданию прочного иммунитета среди населения, в частности, последние 83 случая натуральной оспы были зарегистрированы в 1934 году, малярию удалось ликвидировать только в 1960 г., трахому в 1962 г. В 1987 г. два последних совхоза были сняты с учета по бруцеллезу.
В это время санитарно-эпидемиологическая служба переходит от чрезвычайных мер борьбы с эпидемиями к планомерной работе по профилактике инфекционных заболеваний и болезней человека, обусловленных условиями быта и труда.
В 1939 году в г. Абакане создается межрайонная эпидемиологическая станция, которая обслуживала население четырех районов в радиусе 200 км. В её со¬ставе работают санэпидгруппы во главе с врачом — эпидемиологом, а также два санитарных фельдшера, фельдшер — дезинструктор и три дезинфектора. В распоряжение СЭС был передан и транспорт: автомашина «ЗИС» и одна лошадь. Затем межрайонные СЭС были организованы в Ширинском и Таштыпском районах, функционировавшие без отдельных помещений, без необходимого оснащения, с кадровым дефицитом врачей — специалистов.
В 60-е годы в Хакасии регистрировались массовые инфекционные заболевания, особенно среди детей: кишечные инфекции, дифтерия, корь, скарлатина. Прививочная работа находилась на низком уровне. В 1965 году в лечебно — профилактических учреждениях городов и районов области внедрён «Липецкий метод» проведения прививок с повсеместным использованием централизованной прививочной картотеки. Благодаря этому резко снизился уровень инфекционных заболеваний, охват различными видами профилактических прививок составил 95%.
В связи с бурным развитием промышленности в 70-80 годы появились и профессиональные заболевания. Большой вклад в их профилактику и развитие гигиены труда внесла заслуженный врач РФ Н. Н. Зайцева. Кроме того, по предписаниям санэпидслужбы изменение технологии извлечения золота на рудниках Хакасии привело к ликвидации ртутной интоксикации среди рабочих обогатительных фабрик.
Значительный вклад в становление и развитие государственной санитарно-эпидемиологической службы внесла К. Г. Абдина. За годы её работы завершено строительство двух корпусов для областной СЭС (начатые в 1968 году), большое внимание уделялось подготовке кадров, проводились конкурсы «Лучший по профессии», советы врачей, фельдшеров, лаборантов, «Дни молодых специалистов». Значительно развивалась в эти годы санитарно-гигиеническая лабораторная база, построены здания Ширинской, Усть-Абаканской, Боградской, Орджоникидзевской санэпидстанций, лабораторный корпус Черногорской СЭС.
В этот период неоценимый вклад в организацию работы санэпидстанций внесли: заслуженные врачи РСФСР: О. М. Бобровник, Ю. Д. Полетаев, Л. П. Кутумова Н. Н. Зайцева, заслуженные врачи Республики Хакасия: Т. В. Батькова, Е. А. Глебова, Н. Г. Степанова, а также врачи Д. П. Душинина, С. Г. Потемкина, А. П. Шарыгин, А. И. Милошина, Н. А. Иванов, Е. П. Шихардина, В. В. Караульская, Ю. И. Лысанов, А. Ф. Манкевич, Л. А. Лукина, В. А. Булатова, Б. В. Литвин, М. Р. Ахпашева, М. И. Агафонова, Л. А. Фоменко и другие.
19 апреля 1991 года с принятием закона «О санитарно-эпидемиологическом благополучии» была открыта новая страница в истории санитарно-эпидемиологической службы в России. Этот закон вносил принципиально новые изменения в содержание государственного санитарно-эпидемиологического надзора — служба выведена из ведомственного подчинения, переведена на уровень централизованного управления и финансирования. Обозначились задачи госсанэпиднадзора: профилактика инфекционных и массовых неинфекционных заболеваний человека, предупреждение вредного воздействия на человека среды обитания, гигиеническое воспитание и образование населения.
В соответствии с Законом «О санитарно-эпидемиологическом благополучии населения», Хакасская республиканская санитарно-эпидемиологическая служба приобрела статус государственной службы с финансированием из федерального бюджета и преобразована в Центр Государственного санитарно-эпидемиологического надзора (ЦГСЭН).
С 1994 года под руководством заслуженного врача Республики Хакасия А. В. Козлова проведена большая работа по укреплению материально-технической базы. Завершено строительство зданий ЦГСЭН в г. Абазе, лабораторного корпуса в г. Черногорске, приобретено и реконструировано здание оперативных и административных подразделений ЦГСЭН в г. Черногорске. В 1999 году построен административный четырехэтажный корпус ЦГСЭН в РХ, здание ЦГСЭН в г. Саяногорске, в 8 районах организованы санитарно — гигиенические лаборатории, оснащенные новейшим оборудованием. Значительно увеличились и объёмы лабораторных исследований, впервые внедрены ПЦР-исследования.
Наиболее ярко в этот период проявили себя работники Т. Г. Романова, Т. Н. Викторова, Е. И. Аешина, Н. А. Хвостова, О. В. Поцикайло, В. Е. Курганов, О. В. Пахарукова, Ю. Ю. Гришанин, Г. М. Величко, С. Н. Мосин и др.
За десятилетия служба пережила более 20 различных преобразований, слияний, разделений и реорганизаций. Современная структура Федеральной службы по защите прав потребителей и благополучия человека образована 9 марта 2004 года Указом Президента Российской Федерации от № 314 «О системе и структуре федеральных органов исполнительной власти».
В настоящее время в Республике Хакасия обеспечение санитарно-эпидемиологического благополучия населения, государственный надзор за соблюдением санитарного и потребительского законодательства осуществляется Управлением Роспотребнадзора по Республике Хакасия, ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в Республике Хакасия» и ФГУП «Санита», в составе которых работают 283 специалиста. С 2013 года руководителем Управления Роспотребнадзора по Республике Хакасия является Т. Г. Романова. На территории республики работает 4 территориальных отдела Управления и 4 филиала ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии» в городах Черногорск и Саяногорск, в селе Аскиз и поселке Шира.